Online Mendelian Inheritance in Man
内容
説明 既知のヒト遺伝子と表現型のカタログ
キャプチャデータ 遺伝子, 遺伝疾患, 遺伝形質
生物 ヒト
コンタクト
研究拠点 ジョンズ・ホプキンス大学医学部（英語版）
主要引用 PMID 21472891
アクセス
ウェブサイト http://www.omim.org/
ツール
その他
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OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）は、継続的な更新が行われている、ヒトの遺伝子と遺伝疾患、形質に関するカタログであり、遺伝子と表現型の関係に特に焦点を当てたものである。2019年6月28日 (2019-06-28)現在、OMIMの25,000以上のエントリーのうち、約9,000が表現型に関するものである。残りは遺伝子に関するものであり、その多くが既知の表現型と関連づけられている[1]。

バーションと歴史

OMIMは、1966年から1998年にかけて12版が発行されたビクター・マキュージック（英語版）によるMendelian Inheritance in Man（MIM）をオンライン化したものである[2][3]。MIMの初版の1,486のエントリは、ほぼすべてが表現型に関するものである[2]。

MIM/OMIMは、ジョンズ・ホプキンス大学医学部（英語版）（JHUSOM）で制作とキュレーションが行われている。OMIMは1987年にJHUSOMのWelch Medical Libraryの指導のもと、ハワード・ヒューズ医学研究所からの資金援助を受けてインターネット上で公開された。1995年から2010年までは、アメリカ国立生物工学情報センターからのインフォマティクスと資金の援助により、OMIMはWWW上で公開されていた。OMIMの現在のウェブサイト（OMIM.org）はJHUSOMからの資金提供により開発されたもので、アメリカ国立ヒトゲノム研究所（英語版）の資金援助のもとジョンズ・ホプキンス大学によって維持管理がなされている[4][5]。

収集過程と利用

MIM/OMIMのコンテンツは、発表された査読つき生物医学文献からの選択とレビューに基づいている。コンテンツの更新は、ジョンズ・ホプキンス大学McKusick-Nathans Institute of Genetic MedicineのAda Hamoshの指導のもと、サイエンスライターとキュレーターのチームによって行われている。OMIMは一般に公開されているが、主に遺伝疾患に関わる医師や他の医療従事者、遺伝学の研究者、科学・医学分野の学生の利用のために設計されている[4]。また、遺伝疾患に関する文献を探すためのリソースとしても利用されており[6]、その分類体系は遺伝疾患の統一された索引として医学文献で広く利用されている[7]。

MIM分類体系

「OMIM疾患コードの一覧（英語版）」も参照

MIM番号

OMIMのエントリにはそれぞれ固有の6桁の識別子が与えられる[8]。

アレル異質性（英語版）の場合、エントリのMIM番号には小数点とバリアントを特定する固有の4桁の番号が付加される[8]。例えば、HBB（英語版）遺伝子（141900）のアレルバリアントは141900.0001から141900.0538までのナンバリングがなされている[9]。

OMIMでは遺伝疾患の分類と命名が行われるため、これらの番号は疾患の安定識別子となる[4]。

MIM番号の前のシンボル

MIM番号の前のシンボルはエントリのカテゴリを表している[10]。

出典

  1. ↑ “OMIM Entry Statistics”. Online Mendelian Inheritance in Man. Baltimore, MD: McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University (2019年). 28 June 2019閲覧。
  2. 1 2 McKusick, V. A. Mendelian Inheritance in Man. Catalogs of Autosomal Dominant, Autosomal Recessive and X-Linked Phenotypes. Baltimore, MD: Johns Hopkins University Press, 1st ed, 1996; 2nd ed, 1969; 3rd ed, 1971; 4th ed, 1975; 5th ed, 1978; 6th ed, 1983; 7th ed, 1986; 8th ed, 1988; 9th ed, 1990; 10th ed, 1992; 11th ed, 1994; 12th ed, 1998.
  3. ↑ McKusick, V. A. (2007). “Mendelian Inheritance in Man and its online version, OMIM”. Am. J. Hum. Genet. 80 (4): 588–604. doi:10.1086/514346. PMC 1852721. PMID 17357067.
  4. 1 2 3 Amberger, J.; Bocchini, C.; Hamosh, A. (2011). “A new face and new challenges for Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®)”. Hum. Mutat. 32 (5): 564–7. doi:10.1002/humu.21466. PMID 21472891.
  5. ↑ Amberger, J.S.; Bocchini, C.A.; Schiettecatte, F.; Scott, A.F.; Hamosh, A. (2015). “OMIM.org: Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®), an online catalog of human genes and genetic disorders”. Nucleic Acids Res. 43 (Database issue): D789-98. doi:10.1093/nar/gku1205. PMC 4383985. PMID 25428349.
  6. ↑ Gitomer, W.; Pak, C. (1996). “Recent advances in the biochemical and molecular biological basis of cystinuria”. The Journal of Urology 156 (6): 1907–1912. doi:10.1016/S0022-5347(01)65389-8. PMID 8911353.
  7. ↑ Tolmie, J.; Shillito, P.; Hughes-Benzie, R.; Stephenson, J. (1995). “The Aicardi-Goutières syndrome (familial, early onset encephalopathy with calcifications of the basal ganglia and chronic cerebrospinal fluid lymphocytosis)”. Journal of Medical Genetics 32 (11): 881–884. doi:10.1136/jmg.32.11.881. PMC 1051740. PMID 8592332.
  8. 1 2 “FAQ, §1.2”. Online Mendelian Inheritance in Man. Baltimore, MD: McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University (2015年). 23 July 2015閲覧。
  9. ↑ “Hemoglobin beta locus or HBB (141900): Allelic variants”. Online Mendelian Inheritance in Man. Baltimore, MD: McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University (2015年). 23 July 2015閲覧。
  10. ↑ “FAQ, §1.3”. Online Mendelian Inheritance in Man. Baltimore, MD: McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University (2015年). 23 July 2015閲覧。

関連項目

外部リンク

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