PDB ID 1NA6に基づいたEco RII二量体

EcoRII （えこあーるつー）とは、Escherichia coliで見られる制限修飾系（RM）の制限酵素（REase）である。その分子量は45.2 kDaであり、402残基のアミノ酸で構成されている[1]。

活性型

EcoRIIは真正細菌のタイプIIE [2] REaseである。疑似回文構造のDNA 認識配列 5' - CC W GG - 3' （W = AまたはT ）の2個[3]または3個 [4] （このうち1個は実際に標的を切断し、残りはアロステリックアクチベーターとして機能する）と相互作用する。 EcoRIIは、粘着末端を生成する標的DNA配列CCWGGを切断する[5]。

切断様式の図式

認識部位 切断結果
 5 'NN CCWGG NN
 3 'NN GGWCC NN 
 5 'NN CCWGG NN
 3 'NN GGWCC NN

構造

EcoRIIのN末端ドメイン
制限酵素EcoRIIの突然変異体r88aの結晶構造
識別子
略号 EcoRII-N
Pfam PF09217
Pfam clan CL0405
InterPro IPR015300
SCOP 1na6
SUPERFAMILY 1na6
利用可能な蛋白質構造:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum structure summary
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EcoRIIのC末端ドメイン
制限酵素EcoRIIの突然変異体r88aの結晶構造
識別子
略号 EcoRII-C
Pfam PF09019
Pfam clan CL0236
InterPro IPR015109
利用可能な蛋白質構造:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum structure summary
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EcoRIIの構造変異体 R88A（ PDB: 1NA6​ ）のアポ状態の結晶構造 [6] は、2.1Åの分解能で解明されている。EcoRIIの単量体は、ヒンジループを介して結合されたN末端及びC末端ドメインで構成されている。

エフェクター結合ドメイン

N末端のエフェクター結合ドメインは、顕著な裂溝を有する典型的なDNA結合性偽バレルフォールド(SCOP 101936)を持つ。構造から、進化的に以下に関連していることが明らかになっている。

触媒ドメイン

C末端触媒ドメインは、典型的な制限酵素様フォールド（ SCOP 52979 ）を持ち[10]、30を超える巨大な制限酵素スーパーファミリー（ SCOP 52980 ）の構成タンパク質の一つである。

外部リンク

脚注

  1. ↑ Richard J. Roberts. “EcoRII”. REBASE - The Restriction Enzyme Database. 2008年3月23日閲覧。
  2. ↑ “A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes”. Nucleic Acids Res. 31 (7): 1805–12. (2003). doi:10.1093/nar/gkg274. PMC 152790. PMID 12654995. PDF
  3. ↑ “Imaging DNA loops induced by restriction endonuclease EcoRII. A single amino acid substitution uncouples target recognition from cooperative DNA interaction and cleavage”. J. Biol. Chem. 275 (39): 30631–7. (2000). doi:10.1074/jbc.M003904200. PMID 10903314.PDF
  4. ↑ “Direct visualization of the EcoRII-DNA triple synaptic complex by atomic force microscopy”. Biochemistry 46 (39): 11128–36. (2007). doi:10.1021/bi701123u. PMID 17845057.
  5. ↑ Griffiths, Anthony J. F. (1999). An Introduction to genetic analysis. San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 978-0-7167-3520-5
  6. ↑ “Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold”. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. (2004). doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
  7. ↑ “Solution structure of the B3 DNA binding domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1”. Plant Cell 16 (12): 3448–59. (2004). doi:10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737.PDF
  8. ↑ Richard J. Roberts. “BfiI”. REBASE - The Restriction Enzyme Database. 2008年3月23日閲覧。
  9. ↑ “Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (44): 15797–802. (2005). doi:10.1073/pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004. PDF
  10. ↑ “Topology of Type II REases revisited; structural classes and the common conserved core”. Nucleic Acids Research 35 (7): 2227–37. (2007). doi:10.1093/nar/gkm045. PMC 1874628. PMID 17369272.
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