ミカエル・アガッツィ

アタランタ

地元のアタランタBCのユース出身。2003-04シーズン、レンタル先のズュートティロール（セリエC2）でプロデビューする。

トリエスティーナ

翌年もレンタルで移籍したセリエBのUSトリエスティーナ・カルチョではリーグ戦の出場機会がなかったものの、シーズン後に完全移籍。その後、USサッスオーロ・カルチョ、USフォッジャとセリエC1のクラブへのレンタルで経験を積んだ。この2クラブではいずれもセリエBへの昇格プレーオフに臨んだが、揃って敗退している。トリエスティーナへ戻った2008-09シーズンにはレギュラーを掴んだ。

カリアリ

2009年に保有権の半分をカリアリ・カルチョが獲得し2009-10シーズンはトリエスティーナでプレーする契約となったが、クリスティアーノ・ルパテッリを始めGK陣に負傷者が相次いだため2010年2月1日にカリアリへ完全移籍した^[1]。2月7日のインテルナツィオナーレ・ミラノ戦でセリエAデビューを果たすと、翌2010-11シーズンはフェデリコ・マルケッティがフロントと対立したため定位置を確保。マルケッティがSSラツィオへ移籍した2011-12シーズンには471分間無失点を記録するなどチームの信頼を得ている。

2013-14シーズンは右太腿の負傷と契約延長交渉を拒否したため、ヴラダ・アヴラモヴに守護神の座を譲った。

キエーヴォ

2014年1月、自身と同じく所属クラブで出場機会のなかったマルコ・シルヴェストリ（英語版）とのトレードでACキエーヴォ・ヴェローナへ移籍（アガッツィは半年契約での完全移籍で、シルヴェストリはレンタル移籍）。

ミラン

2014年5月22日、ACミランに移籍した。契約は2017年6月30日まで^[2]。

ミドルズブラ

2015年8月、ミドルズブラFCへ期限付き移籍することが発表された^[3]。

イタリア復帰

2016年6月18日、ACチェゼーナに加入し母国へ復帰。2018年1月30日には、リッカルド・ラーニ（英語版）と入れ替わる形でUSアレッサンドリア・カルチョ1912からアスコリ・ピッキオFC 1898へ加入しシーズン終了までの契約を締結した^[4]。

2018年11月16日、USクレモネーゼと契約を交わした^[5]。