単行本

電撃文庫

• ダーク・バイオレッツ（2002年6月 - 2004年3月, 全7巻）
• シャドウテイカー（2004年6月 - 2005年6月, 全5巻）
• 山姫アンチメモニクス（2005年8月 - 2005年12月, 全2巻）
• 天空のアルカミレス（2006年4月 - 2007年6月, 全5巻）
• モーフィアスの教室（2008年1月 - 2008年11月, 全4巻）
• 偽りのドラグーン（2009年8月 - 2011年7月, 全5巻）

メディアワークス文庫

• ビブリア古書堂の事件手帖（2011年3月 - 2017年2月, 全7巻）
• ビブリア古書堂の事件手帖 ～扉子と不思議な客人たち～（2018年9月 - 、既刊3巻）

角川つばさ文庫

• ビブリア古書堂の事件手帖（2016年8月 - ）

光文社

• 江ノ島西浦写真館 （2015年12月16日 / 光文社文庫、2018年6月12日）

新潮社

• 同潤会代官山アパートメント（2019年4月）

その他

• ファンタジーへの誘い-ストーリーテラーのことのは-（2016年6月 徳間書店）《インタビュー集》

雑誌掲載・アンソロジー収録作品

• 「Falling」（『電撃hp Volume31』2004年8月）
• 「M/W・二枚のメダル」（『電撃hpSPECAL 2005 SPRING』）
• 「死者の箱舟」（『電撃h』）
• 「いぬみみメイド かなたタン」（『電撃hPa』）
• 「ネガイゴト」（『電撃hp Volume43』2006年8月）
• 「マリカ」（『電撃hp Volume49』2007年8月）
• 「月の沙漠を」（『この部屋で君と』新潮文庫nex、2014年9月）
• 「江ノ島西浦写真館」（『ジャーロ』No.54、2015年6月）
• 「太宰治『待つ』」（『ビブリア古書堂の事件手帖 7巻発売記念スペシャル書き下ろし掌編』フリーペーパー、2017年2月）再録
• 「2020」（『蠱惑の本 異形コレクションL』光文社文庫、2020年12月）
• 「シネマバー・ソラリスと探しもの」（『別冊文藝春秋』2021年7月号 - 連載中）

編纂・監修

• 栞子さんの本棚 ビブリオ古書堂セレクトハンドブック（編纂・エッセイ執筆、角川文庫、2013年5月）
• ビブリア古書堂セレクトブック ブラック・ジャック編（編纂・エッセイ執筆、角川文庫、2017年2月）
• ビブリア古書堂の事件手帖スピンオフ こぐちさんと僕のビブリアファイト部活動日誌（原作・監修、峰守ひろかず著、電撃文庫、2017年3月）

エッセイ・評論

• 解説「落穂拾い」と私――小山清の生活のこと（『落穂拾い・犬の生活』小山清著、ちくま文庫、2013年3月）
• 大人が楽しめる新感覚ライトノベル入門（『THE21』第30巻第5号 PHP研究所、2013年5月）
• 読書狂（ビブリオマニア）の冒険は終わらない! （倉田英之との共著、集英社新書、2014年10月）
• 恐怖のノスタルジー（エッセイ）（『小説新潮』2017年8月号）
• トップランナーの図書館活用術 才能を引き出した情報空間　 (インタビュー 「物語を紡ぐ人、物語と出会う場所」）(岡部 晋典 著、勉誠出版、2017年8月）
• 「『文化防衛論』の射程――三島と天皇」（『yomyom』2020年12月号）
• 「気づけば、相棒」（『小説宝石』2024年1月号）