歌劇

• 磐城の松（1963年 - 1964年）　後に「有馬皇子」の一部分として取り入れられる
• 三人の女達の物語（1964年）
• 有間皇子（1963年 - 1967年）
• 葵上（1979年）
• 井筒の女（2007年）

交響曲

• 交響曲第1番（1961年）
• 交響曲第2番（1975年 - 1977年、1978年・2004年改訂）
• 交響曲第3番「春」（1981年 - 1984年）

  第1楽章のみを「祝典序曲」として演奏することも可能

• 交響曲第4番「夏1945年」（1986年 - 1989年）
• 交響曲第5番「人間」（1997年 - 1999年、2001年改訂）

管弦楽曲

• 管弦楽のための二章（1946年）
• 古典組曲（1947年）
• 管弦楽のための序奏とアレグロ（1954年）
• 管弦楽のための二つの祈り（1956年）
• 弦楽オーケストラのための小交響曲（1959年）

協奏曲

• ヴァイオリン協奏曲（1968年）
• ヴィオラ協奏曲（1971年）
• ピアノ協奏曲（1979年 - 1981年、1997年改訂）
• チェロ協奏曲「秋」（1997年、2001年改訂）

吹奏楽曲

• 組曲「映像の記憶」（1987年）

  映画音楽の編曲

• 行進曲「清くあれ、爽やかなれ」（1988年）

室内楽・独奏曲

• 弦楽四重奏のための二章（1952年）
• 木管三重奏曲（1953年）
• フルートとピアノのためのソナタ（1953年 - 1954年）
• 日本組曲第1番（1955年）（木管五重奏、東京管楽器協会（鈴木清三、千葉馨など）により初演）
• 日本組曲第2番（デュオ・クロムランクの委嘱）
• 弦楽四重奏曲第1番（1955年 - 1957年）
• 三つの内的風景（1960年）
• ピアノのためのソナチネ（1965年）
• ピアノのための組曲「にしきめがね」（1966年）
• ヴァイオリンとピアノのためのソナタ第1番（1963年 - 1967年）
• 南日本民謡による三つのパラフレーズ（1968年）
• 古典風ソナチネ（1969年）
• こどものための三つの小品（1971年）
• チェロとピアノのためのソナタ（1973年 - 1974年）
• ハーモニカとピアノのための組曲「街の歌」（1975年）
• フルートとヴァイオリンとピアノのための組曲「朝の歌」（1976年）
• 二つのヴァイオリンのための「ディアローグ」（1980年）
• アルトサキソフォンとピアノのための組曲「街の歌」（1981年、ハーモニカ版からの改訂）
• フルートとピアノのための「小パストラール」（1983年）
• かくれん坊と鬼ごっこ（二つのマリンバのための二つの遊戯）（1988年）
• 4手ピアノのための「北国の祭り」（1989年）（原曲は破棄された室内オーケストラのための「日本組曲第2番」から改変したもの。後に別宮の依頼により野口剛夫が二管編成オーケストラのために編曲した（2003－2011年）。スコアは2022年に音と言葉社から刊行。ISBN 978-4991101564　https://www.amazon.co.jp/dp/4991101565?ref=myi_title_dp）
• ハープシコードとリコーダーのためのソナチネ「薄明」（1990年）
• ヴァイオリンとチェロとピアノのための三重奏曲（1995年）
• マリンバのための組曲「にしきめがね第2」（2002年）

独唱曲

• 歌曲集「海四章」（1947年）
• 歌曲集「淡彩抄」（1948年）
• 歌曲集「二つのロンデル」（1951年）

加藤周一の詞による。「雨と風」、「さくら横ちょう」（中田喜直の同名曲と同一の詩）の2曲からなるが、特に第2曲が有名。

• 歌曲集「白い雄鶏」（1956年）
• 歌曲集「立原道造による四つのうた」（1959年）
• 歌曲集「在りし日の歌」（1959年、1975年改訂）
• 歌曲集「抒情小曲集」（1962年、1974年改訂）
• 歌曲集「大手拓次による三つのうた」（1973年）
• 歌曲集「三好達治による四つのうた」（1977年）
• 歌曲集「智恵子抄」（1982年）

重唱曲

• 四つの賛歌（1965年）

合唱曲

• 万葉集による三つの歌（1958年）
• 落葉松（1958年）
• 北国民謡によるパラフレーズ（1962年）
• 音楽物語「大男の庭」（1962年）
• 混声合唱のための組曲「山の四季」（1967年）
• 兵庫讃歌（1971年）
• 合唱曲「ある少年の死」（1978年）
• カンタータ「向陵夢幻」（1978年）
• 合唱組曲「木と島のエピグラム」（1985年）
• 女声合唱とピアノのための組曲「凍った炎」
• 女声合唱とピアノのための組曲「“ある噴水の物語”より」（1988年）
• 女声合唱とピアノのための組曲「淡彩抄」（1991年）

  独唱曲からの編曲

童謡

• 色紙ちょん（1955）NHKラジオ「幼児の時間」のために作曲

映画音楽

• 怪異宇都宮釣天井（1956年）
• 姫君剣法 謎の紫頭巾（1957年）
• 天下の鬼夜叉姫（1957年）
• 遥かなる男（1957年）
• 密告者は誰か（1959年）
• 恐怖の時間 (1964年)
• マタンゴ（1963年）^[1]
• 香港の白い薔薇（1965年）
• 国際秘密警察 鍵の鍵（1965年）
• 国際秘密警察 絶体絶命（1966年）
• 喜劇 駅前開運（1967年）

校歌

• 埼玉県川島町立三保谷小学校校歌
• 横浜市立南高等学校校歌（1959年）

訳書

• ダリウス・ミヨー、クロード・ロスタン『音楽家の自画像』（東京創元社、1957年）
• ジャン・エティエンヌ・マリー『生きている音楽』（音楽之友社、1961年）
• ダリウス・ミヨー『ダリウス・ミヨー 幸福だった私の一生』（音楽之友社、1993年）