1967年にTMSC(トヨタモータースポーツクラブ)の主催でスタートし、1977年に富士ロングディスタンスシリーズ開始と同時に、FISCOクラブの主催となった。1985年に全日本耐久選手権の一戦となり国際格式レースとなると同時に再びTMSC主催(VICICと共催)となった。
オイルショックなどを理由に耐久レースの開催が中止された時期も、富士1000kmは開催され続けたが、1993年に全日本スポーツプロトタイプカー耐久選手権(JSPC)の崩壊、および景気後退で中止。以降は開催されなくなった。
1999年に富士スピードウェイ35周年企画として、ル・マン24時間レース規定による「ル・マン富士1000km」として復活した。また2007年に、全日本スポーツカー耐久選手権の1戦として組み込まれ、8年ぶりに復活した。
なお1982年から1988年は「WEC-JAPAN」というWSPCの一戦、1989年から1991年は「インターチャレンジ富士1000km」というJSPCの一戦が追加で開催されていた。1992年もMSCC(マツダスポーツカークラブ)主催でJSPCとして年2回、富士の1000kmレースは開催されていた。
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