陸奥国 菊多郡 泉藩 松小屋村（現在の福島県 いわき市 泉地区・渡辺町松小屋）で出生[2] (p175) [3] [4]
東京大学 医学部（現・東京大学大学院医学系研究科・医学部 ）在学時に高木は先輩の北里柴三郎 （1853-1931）と交流もあった[5] (p391) 。また、内務省 衛生局の後藤新平 （1857-1929）とは高木が在学中から親交が深かった[2] (p176) 。1885年5月、高木は東京大学医学部を卒業。8月より福井県立病院の院長を務め、1888年5月に離任。翌月(私立)鹿児島病院（現鹿児島大学病院 ）院長に転任。1893年、後藤が相馬事件 で連座により収監されたことや、北里がドイツから帰国したことで鹿児島病院を辞し、北里伝染病研究所で助手として細菌学の研究を進める傍ら[5] (p391) 、入獄中の後藤に差し入れをしたり一族の世話をしていた[2] (p176) 。
1894年7月、高木はペストの調査を目的に香港 へ出向いた。日清戦争 期間中は日本軍の船舶でコレラ が発生したため、1895年7月に広島県 に設置されていた臨時似島検疫所 で事務官長だった後藤の招聘により、事務官となった。コレラの血清 を製造。患者への治療に用いた。これがコレラに対する血清治療の初の事例となったともいわれているが、北里は広尾病院 での実践例を論文報告に掲載しており、学術的には高木の功績とはなっていない[2] (p181) 。
同年9月、北里研究所の治療部長に昇進。1896年4月に内務技師、6月に血清薬院長兼内務技師、9月に中央衛生会の委員。1897年5月、日本を代表しモスクワ での第12回万国医事会議や、ベルリン での万国らい病 （ハンセン病）会議に参加[2] (p176) 。
捷運北門駅 で出土した日本統治時代の下水道施設1901年、台湾でペストが大流行し、死者は3,000人以上となった。台北避病院 院長の本田祐太郎もペストにより殉職している[2] (p191) 。児玉源太郎 に抜擢され、時の民政長官 だった後藤新平 は旧知の高木に来台とペスト撲滅への協力を依頼した。1902年3月31日、高木は台湾総督府医学校 （その後台北帝国大学 医学部を経て、戦後の国立台湾大学 医学部）付属の台湾総督府立医院 （中国語版 ） 付設医院 （中国語版 ） 台湾総督府民政部 警察本署[注 4] [2] (pp192-193) 。1905年、台東病院長を2ヶ月あまり兼任[2] (p177) 。
高木はペスト撲滅のために衛生警察による監視を強化した。これは駐台日本軍兵士がペストの影響を受けることと、日本政府として日本籍軍人の健康を保証することが駐留の根幹だったことによる。台湾総督 による陸軍省 への報告では、欧州列強の植民政策は、旧市街を撤去し新市街として再建、あるいは兵站を市街地から離れた場所に設置し、そこを衛生的に隔離された区域とするものだった[10]
1910年にはペストによる死者は18人まで減った[11] (p67) 。
台湾領有後初期のペストによる患者数と死者数（年別）[3]
年 1896 1897 1898 1899 1900 1901 1902 1903 1904 1905 1906 1907 1908 1909 1910
患者数 258 730 1,233 2,637 1,079 4,499 2,310 886 4,500 2,398 3,272 2,592 1,270 1,026 19
死亡数 157 566 882 1,995 809 3,673 1,855 709 3,374 2,100 2,609 2,241 1,059 848 18
1913年12月、九州帝国大学宮入慶之助 の斡旋で論文を提出、博士号を取得した[2] (pp178-179) （東大では青山胤通 や緒方正規 らがこの論文での学位取得に太鼓判を推していたが、高木が謙遜しすぎたために青山は逆に不快感を抱いたことから東大からの学位申請とはならなかった。申請書には本人の捺印が必要だったが、友人に説得されようやくこれに応じた[2] (pp178-179) 。）。
1915年に後任の堀内次雄 がやってきたことで、校長の職務を離れて研究所の業務に専念するようになった[2] (p179) 。その後、医学院の学生らは高木の校長就任15周年を記念して胸像彫刻を製作することを決めたが、高木は先代校長の山口の像が無いことを以って断固拒絶していた。しかし結局は申し出を受け入れ、長野県出身の彫刻家北村四海 による胸像が置かれることになった[11] (p69) 。
高木は学生の品格教育を重んじ、人種主義 を排していた。学生には母語の使用を禁じたが台湾文化を尊重し、卒業生にも気にかけ、彼らを喜ばせた[12] (p24) 。高木の教育方針は劉榮春 （中国語版 ） [12]
高木は山口秀高 （中国語版 ） [11] (p67) 、熱帯医学 などの彙報を掲載した[2] (pp195) 。
総督府中央研究所 1909年2月23日、高木は欧米を視察し、4月1日に自身が設立した台湾総督府中央研究所 （中国語版 ） [2] (p177) 。研究所設立前は上水道やガスもなく、研究で使用する試験器具の消毒もアルコールを用いていた[2] (p195) 。それまでは殖産部や樟脳専売局が組織内に研究所を抱えていたが、高木は台湾に根差した独自の研究所が必要と考え、後藤に構想を持ち掛けた。高木による数分の説明を受けた後藤は1時間あまりでそれを咀嚼し、総督府として高木を後押しすることになった[2] (pp177-178)
所長の任期中に高木は179本の報告を完成し、そのうち35本はシロアリ についてのもので、114本は化学研究だった[11] (p67) 。
1911年2月18日、高木はドレスデン で開かれた万国衛生博覧会に参加、過去10数年における台湾での医療衛生改善状況を発表し、ドイツ語での著作『Die hygienischen verhältnisse der insel Formosa 』を刊行した[2] (p193) 。
辛亥革命 が起きた1912年 前後は、台湾総督府 が抗日運動に従事する蔣渭水 （1910年入学）、翁俊明 （中国語版 ） 杜聡明 （ともに1909年入学）らの学生運動家逮捕を準備をしていたが、校長の高木は「教育の独立制」、「校内自治」を盾に総督府の圧力を拒絶していた。集会で革命運動をの意思を表明していた学生らに対して、反対もせず、むしろ実行には覚悟を決めるように説いていた。羅福星 を例に挙げ、もし運動が失敗し死を遂げても笑顔を忘れず、医学院の体面を失わないよう話していた。その後蔣渭水は民族自治運動にのめり込んでいくようになった[13] (p9) 。
1914年に王学潜 （中国語版 ） 林献堂 が設立し、蔣渭水も加入した民間の日台親睦団体台湾同化会 が1914年に開いた台湾鉄道ホテル での成立大会には高木も参列していた[11] (p68) 。
1921年10月17日に台北の静修女子中学 で台湾文化協会 の設立大会が開かれ、高木・堀内の歴代両校長も参列している[14]
1929年7月9日、高木は10年あまり仕えた台電を離職、後任の遠藤達は政治闘争に巻き込まれ約半年でその職を追われた（松木幹一郎 が職位を継ぐ）[2] (p180) 。この年に盟友の後藤も世を去っている。70代になった高木は東京 ・世田谷 に戻った。
1940年、高木は大阪毎日新聞 の記者下田将美の取材を受けた。湾生 （台湾生まれの日本人）と台湾人の気質や素質などの違いを問われると、「日本人の両親に幼いころから台湾人軽視を叩き込まれたのか、間抜けになっていく」と答えている[11] (p66) [2] (p199) 。
太平洋戦争 期間中は医学校卒業生で詩人の頼和 （中国語版 ） 張冬芳 （中国語版 ） 漢文 翻訳文が渡された[18] [19] 時年春到東京去，和同窗之幾位，曾去拜訪，先生猶尚老健善談。 」[20] [注 6]
逝去時は門下生や研究所、台電関係者ら20人が『高木友枝先生追憶誌』に追悼文を寄せている[2] (p200) 。没後は小金井市 の多磨霊園 (21-1-5)に埋葬されている[22]
戦後台湾の脱日本化により、台大医学院の高木と山口の大理石胸像は撤去され、蔣介石 の像が設置された。高木像の一部は破損した[11] (p69) 。
921大地震 後、台湾市政府の英文雑誌に携わっていた在台カナダ人カーティス・スミス（Curtis Smith）は高木の胸像を求めて台電を退職したエンジニア林炳炎と接触した。林は杜聡明博士基金会董事長 の杜祖誠に、像が杜聡明とその子孫の手で保管されていたことを知らされた[11] (p96) 。2008年、高木と山口の像は台大医学院に再び設置された[2] (p194) 。医学人文博物館 （中国語版 ） [23]
2010年、教育部 は台湾大学に対し、校内で運営されている国内最大のインターネット掲示板「批踢踢 （PTT）[注 7] 傅斯年 ら歴代校長の事例を挙げて教育部による言論の自由の制限に抗議した[24]
高木の孫が2013年に逝去すると、その遺族は孫が所有していた黄土水 国立彰化高級中学 （彰化国中）も候補として名を連ねたが、高木とゆかりのある台大医院、台北市立美術館 （中国語版 ） ニュー台湾ドル を提示した奇美博物館 などの名だたる競合相手に直面した[25] [26]
2014年2月、彰化国中の学生が訪日し遺族の前で演奏した民謡『赤とんぼ』を聞いて感動したことで、遺族は銅像の寄贈先として彰化国中を選んだ[27] [28] [29] [30]
日本 陸奥国菊多郡泉藩
ロベルト・コッホ研究所、
