ピクチャー関連の変更点

• 使用可能なピクチャーの枚数が50枚から1000枚に増加した。
• ピクチャーのID、ファイル名の末尾、透明度、拡大率の指定を変数で行えるようになった。
• 表示するレイヤーを「マップチップの下」「主人公と同じ」「文章ウィンドウの上」などの十段階に変更できるようになった。
• 戦闘中にも表示可能になった。
• 画面のシェイク、色調変更、フラッシュに影響を受けるかどうかを変更可能になった。
• スプライトシート機能の追加。「ピクチャーの表示」において、画像を指定した数に分割してそれぞれのパターンを個別に表示できるようになった（最大分割数は300*300）。表示するパターンは定数・変数で指定可能。
• 「ピクチャーの表示」で同じファイルを同じIDで表示する場合、画像のロードがスキップされるようになった。これにより、同じファイルを指定し続ける限り「ピクチャーの移動（ウェイト0.0秒）」と同じ挙動をするようになり、スプライトシート中の表示パターンを負荷なく変更することが可能である。
• 透明度が100%の際のCPU負荷が減少した。
• 拡大率が0〜2%のピクチャーを表示した状態で画面をスクロールした場合、「ゼロによる除算」というエラーが表示されクラッシュする不具合の修正。
• ピクチャの透明度指定の統合（上半分・下半分の区切りが無くなった）。
• 「文章の表示」によってピクチャの動作が阻害されないようになった。

エディタ関連の変更点

• データベースやイベント編集画面などのウィンドウをリサイズできるようになった。
• 注釈の行数の上限及び一行に書ける文字数の上限が撤廃された。
• イベント編集画面の背景がストライプになり、イベントコマンドが色分けされるようになった。
• イベントコマンドをコピーした際にテキスト形式に変換されるようになり、メモ帳などにコピーしたイベントコマンドを貼り付けられるようになった（従来通りイベント編集画面に貼り付けることも可能）。
• アイテムやスキルなどの最大項目数が5000から9999に増加した。
• 使用可能なラベルのIDが100から1000に増加した。
• 素材管理からピクチャーをインポートする際のサイズ制限が撤廃された。

エンジン関連の変更点

• フルスクリーンモードで比率が変わる、画面がぼける、動作が遅くなる不具合の修正。
• F5キーからビデオオプションを表示でき、画面サイズや描画オプション、ボリュームの変更などが行えるようになった。
• ウィンドウモードでの起動がデフォルトとなり、ウィンドウモードでの画面の拡大倍率が1〜4倍の間で変更できるようになった。
• マルチコアのPCで「キー入力の処理」を行った際に入力の取得が不安定になる問題が解消された。
• タイトル画面の表示を省略し、ゲームが開始するマップへ直接遷移することができるようになった。
• イベントコマンドに「ロード画面の表示」「戦闘のウェイト設定の切り替え」「フルスクリーンモードの切り替え」「ビデオオプションの表示」が追加された。
• 条件分岐に「セーブデータが存在する場合」「テストプレイモードの場合」「戦闘のウェイト設定がオンの場合」「フルスクリーンモードの場合」の分岐条件が追加された。
• DirectDrawの使用が廃止され、それを原因とするエラーが起きなくなった。
• デフォルトの戦闘システムにおいて、キャラクターのバトルタイムゲージが半分以下の場合、ゲージの溜まる速度が大幅に上昇するようになった（これによりゲージが左端からMAXになるまでの時間が日本版の約2分の1にまで短縮された）。
• 特定のキーが認識されない・入力され続けるバグの修正。
• ゲームをロードした時、セーブ時点で変更されていたマップチップがリセットされる不具合の修正。

RPGツクール2003に収録されたサンプルゲーム

エターナルハーミット

エンターブレイン発行のテックウィンで連載されたRPG「エターナルハーミット」（『RPGツクール2000』にて制作）を『RPGツクール2003』用にコンバートした作品。仕様に合わせて戦闘がサイドビューに変更された以外は、内容はほぼ同じである。

• 第1話「霧降ヶ丘のTAROT」
• 第2話「霧降ヶ丘大パニック！妖怪軍団大襲来！！」
• 第3話「エターナルハーミット壊滅！？史上最大の作戦」
• 第4話「わらしべ！まつりで！大・乱・戦」
• 第5話「樹海！痛快！奇奇怪怪！還らずの森のサバイバルレース」
• 第6話「くもりのち晴れ、ところにより人類滅亡」

Trial

主人公のナイルが、一緒に住んでいる自分の育ての親でもある神様を助けるために頑張るストーリー。

ねこつかい

記憶喪失の主人公が言葉を話す雌猫と共に、全部で6つの「賢者の石」を集めながら旅をする。

ミニゲーム

『RPGツクール2003』で作られたミニゲームが収録されているミニゲーム集。『RPGツクール2000』のハンドブックのCD-ROMに収録された『いけいけダンジョン』や『アクションRPG』もアレンジされて移植されている。

俺の試練

俳優の宮島岳史による作品。莫大な経験値をもたらすという3つの宝物を求めて、冒険者たちがダンジョンに挑む。買い物の要素がなく、アイテムはダンジョンで拾うか、教会でアイテムを売ったときにお礼としてもらえるもの以外にない。また、サンプルゲームとしては唯一、自動生成ダンジョンが用いられている。

ハンドブックサンプルゲーム

• ビックリ島戦記！
• エルシオーネ
• レブコメ