大熊清

FC東京監督（第1期）

1993年から東京ガスに籍を置いたまま、母校の中央大学でコーチを務めた。1994年には鳥原の指示で^[2] 鈴木によって東京ガスサッカー部に呼び戻され、今井敏明監督の下、倉又寿雄と共にコーチを務めた^[4]。今井の辞任に伴い、同年末の天皇杯から代行として指揮を執った^[5]。

1995年に正式に東京ガスSC監督に就任（倉又はヘッドコーチに昇格）^[4]。大熊・倉又・鈴木の3人による一枚岩体制で（鳥原談^[6]）、「勝ち続けるしかない（大熊談^[7]）^{[注 1]}」チームを牽引した。同年7月、東京ガスは大熊の中央大学での教え子でもあるMF岡島清延を獲得し、布陣を再編^[9]。MF藤山竜仁をDF（サイドバック）へとコンバートして守備を安定させ、4バック・ドイスボランチというこれ以後長きに渡って続く基本布陣の原型を作った^[9]。1996年には倉又に練習の半分を任せ、高校の先輩でもある田嶋幸三の下でS級ライセンスを受講^[10][11]。1997年の天皇杯ではJリーグの3クラブを破ってベスト4に進出した^[5]。1998年にはJFLで優勝^[5]。

1999年、クラブがFC東京としてプロ化し、J2（Jリーグ2部）に参加。大熊は東京ガス社員（正式には東京ガスからの出向扱い）のままプロクラブの指揮を執り、同リーグ2位で翌2000年からのJ1（Jリーグ1部）昇格を果たした。大熊は、格上の相手が揃うJ1の中で成績を残すには戦術を徹底させることが必要と考え^{[12][注 2]}、一貫してショートカウンターを志向した^[12]。開幕戦で対戦した横浜FM・中村俊輔からは「蹴って走るだけの部活サッカー」と嘲られたが^[13]、東京の労を厭わずに走るサッカーは当時のJ1においては異色で^[14]、序盤に首位を維持した快進撃が認められ、アジアサッカー連盟2000年3月度月間最優秀監督賞を受賞^[15][11]。Jリーグクラブの監督としては5人目、日本人に限ると3人目の快挙だった^[5]。大熊の手腕はクラブ内で高く評価されていたものの、クラブの飛躍のためには新たな編成が必要との判断から^[16]、2001年限りでFC東京監督を退任^[5]。

U-20日本代表監督・日本代表コーチ

2002年よりFC東京強化部長代理を務め、同年3月にU-19日本代表監督の田嶋に請われて^[15]日本サッカー協会（JFA）技術委員に就任^[17]。しばらくは直接の指導をしない立場としてサッカーに携わろうと考えていたところ^[15]、同年8月に田嶋がJFA技術委員長に就き、U-19代表監督が空位となったことから^[15]、大熊が同監督に就任^[18]。準備期間は僅かだったが^[15] FC東京同様、選手にハードワークを厳しく要求し^[19]、10月にカタールで開催されたAFCユース選手権で準優勝。さらに翌2003年11月から12月にかけてUAEで開催されたFIFAワールドユース選手権ではU-20日本代表を指揮し、走り負けないサッカーの実践とスーパーサブ・坂田大輔らの活躍によって^[20] ベスト8に進出した。この年にはU-18日本代表監督も兼務し^[21]、2大会連続でU-20世代を率いることになった。2004年9月から10月にマレーシアで開催されたAFCユース選手権では3位、2005年6月にオランダで開催されたワールドユース選手権ではモロッコに敗れてベスト16。この大会をもって監督を退任し（JFA技術委員は継続^[22]）、FC東京強化部長代理に復帰した^[22]。

2006年7月にイビチャ・オシム監督の下でサッカー日本代表コーチに就任^[23]。オシムの後任である岡田武史監督の下でも引き続きコーチを務め、2010年に南アフリカで開催されたFIFA ワールドカップ後に退任した。

FC東京監督（第2期）

2010年9月19日、城福浩監督の解任に伴い、J2降格圏に低迷していたFC東京の監督に9年ぶりに復帰^[1]。同年リーグ優勝した名古屋に勝利するなどチームを立て直したが、最終節に敗れてJ2降格を喫した。

2011年も引き続きFC東京の監督を務め^[24]、序盤こそ出遅れたものの、チームに薄れつつあった謙虚さとひたむきさを蘇らせ^[25]、J2優勝及び1年でのJ1昇格を果たした。同年限りでの退任が発表されて^[26] 臨んだ天皇杯では、クラブ初、J2勢としても初の優勝を果たし有終の美を飾った。

2012年よりFC東京のテクニカルディレクターに就任^[27]。育成部長に就いた倉又と共に下部組織を統括し、クラブのスタイルや目標に明確な方向性を持たせるべく「幹の部分（大熊談）」を作ることに尽力した^[28]。2013年限りで同職を退任^[29]。

大宮アルディージャ監督

2014年から大宮アルディージャの監督に就任^[30]。東京ガス在籍時からの盟友・鈴木は同年より大宮のチーム統括に就いた。情熱と規律を併せ持つ姿勢を評価されたことも相まって^[31]、大宮でも球際、攻守の切り替え、運動量といった「サッカーの本質」を重視した指導を続けたが^[32]、主力選手の負傷も重なって^[33]“らしさ”を浸透させることができず^[34]、FIFAワールドカップによるリーグ戦中断明け以降も8試合で3分5敗と立て直しに失敗^[35]。J1第22節浦和戦（さいたまダービー）敗戦翌日の8月31日付けで退任^{[注 3]}した^[39]。鈴木も翌9月1日付で退任^[36]。

セレッソ大阪強化部長・監督

2014年12月、セレッソ大阪の強化部長に就任^[40]。同年の成績不振を踏まえて劣勢や主力欠場に耐えうる複数の実力者を的確に補強し^[41][42]、セカンドチーム発足に備えた人員を確保した^[43]。

2015年11月17日、自ら交渉し招聘させた^[44]パウロ・アウトゥオリに代わって監督に就任^[45]。既にリーグ戦は最終節を残すのみという異例の時期の交代劇であり、最終節とJ1昇格プレーオフ（PO）進出時の同試合の指揮を執ることになった^[46]。アウトゥオリの戦い方を引継ぎながらも^[47][46]、チームに欠けていた意思疎通^[48][49]や闘争心、競争意識を高め^[47][50] 軌道修正に成功^[51]。最終節東京V戦に勝利して4位でPO出場を確保した。POでは、ベテラン勢を恃みに^[52] 粘り強い守備で準決勝・5位愛媛戦の失点を免れ^[49] 0-0で決勝進出^{[注 4]}。PO決勝・3位福岡戦では、試合終了間際に痛恨の失点を喫して^[53] 1-1で試合終了となり、J1昇格を逃した^{[注 4]}。

同年末、2016年の監督留任が決まった^{[54][注 5]}。強化担当としての兼務による激務の中で^[56]、選手層を活かしきれていないとの批判も浴びたが、2014年途中から瓦解の続いていたチームを一丸とさせ^[57]、前年に続きリーグ4位でPOに進出。準決勝・5位京都戦は1-1で決勝に進み^{[注 4]}、決勝・岡山戦の勝利によって3年ぶりのJ1昇格を果たした。これを手土産に監督を退任し^[58]、2017年からは強化部長に専念^[59]。

清水エスパルスGM

2019年、12月23日付で清水エスパルスのGMに就任^[60]。

2023年12月31日付けでGM兼サッカー事業本部長を退任することが発表された^[61]。

京都サンガGM

2024年5月17日、同年6月1日付で京都サンガF.C.のGMに就任すると発表された^[62]。