農業

• 2017年10月19日、「大都市部と農漁村部がバランスよく共生し、若者から高齢者まで国の安全と繁栄に貢献する活力ある熊本」を目指すと発言^[30]。

復興

• 2016年5月14日、「熊本城や阿蘇神社は県民の心の支え。文化財保護の観点も含め、しっかりとした支援を行う必要がある。」と発言^[31]。
• 2017年10月19日、財務副大臣として、「熊本の創造的復興を予算面から支援します」と発言^[30]。
• 同日、「仮設住宅の入居期限を延長しました。復興弱者に安心を捧げる支援を続けます。」と発言^[30]。
• 同日、「インフラ復旧を一歩進めて未来型防災減災都市を実現します。」と発言^[30]。

経済

• アベノミクスに賛成^[32]
• 消費税10%への増税に賛成^[33]

防衛

• 首相の靖国神社に参拝に賛成^[33]
• 安全保障関連法案の成立に賛成^[33]
• 憲法改正に賛成。改正すべき項目として、憲法改正の手続、戦争放棄と自衛隊、緊急事態条項を挙げた^[33]。
• 2017年10月11日、「自衛隊は熊本地震では人命救助などでどれだけ活躍していただいたことか。身をていして国を守っている。自衛隊違憲論に終止符を打つ」と強調した^[34]。

家族観

• 「夫婦と複数の子供が揃っているのが家族の基本形」としている^[33]
• 選択的夫婦別姓制度の導入に反対^[33]

統一教会との関係

• 2012年の衆院選の際に提出された選挙運動費用収支報告書に、統一教会（現・世界平和統一家庭連合）の関連団体「世界平和連合」から10万円の寄付を受けたことが記載されていた^[35]。

• 2018年、統一教会の関連団体「天宙平和連合（UPF）」が主催する自転車イベント「ピースロード」の実行委員に就任。以後、2021年まで実行委員を務めた^[36][37]。

• 2019年1月26日、木原は、統一教会熊本教区長の永井義行^[38]、日韓トンネル推進熊本県民会議の事務局長の佐藤民雄とともに駐福岡大韓民国総領事館を訪問。孫鍾植総領事と、韓国九州の交流増進案について話し合いをした^[39][40]。また、その際統一教会の地区幹部と写真を撮っていたことが明らかになっている^[41]。木原の国会事務所は「駐福岡韓国総領事の主催による昼食会に招かれ、領事館を表敬したところ、すでにその場に指摘の人物が来ていました」と説明。「統一協会およびその関連団体との関係は持たないとの党による方針に沿って、これらの団体とはすでに関係を絶っております」と述べている^[41]。

その他

• 2014年1月22日、アメリカ軍普天間飛行場の名護市辺野古への移設断念を求めた照屋寛徳ら沖縄県出身・選出議員に対し、移設に反対する稲嶺進が4155票差で当選した1月19日の沖縄県名護市長選挙の結果をあげて「私も政治家なので民意は大事にしなければならないと思っている」とした上で、「永田町の民意で言うと、自民党が多数派で野党は少数派だ。敗れた末松文信さん側も少数派だが、小さな声にも耳を傾けねばならない」「今回の選挙結果は直近の民意だが、同じように選挙で選ばれた仲井眞弘多知事の埋め立て承認も民意の一つだ」と語った。また取材に対して「『永田町の民意』でなく、『国会の民意』だと言った。国会では自民党が多数派で野党が少数派だが、一般論として少数の民意も尊重しなければならないという正しいことを話しただけだ」と述べた^[42]。
• 2015年6月23日に行われた沖縄全戦没者追悼式で首相の安倍晋三に怒号が浴びせられたことについて、「主催者は沖縄県である」「たくさんの式典や集会を見ているから分かるが、明らかに動員されていた」「そういったことが式典の異様な雰囲気になった原因ではないか」とし、やじを飛ばしたのは県の動員による参列者であると示唆した^[43]。主催した県は「動員などはあり得ない」としている^[43]。主催者の一人である県議会議長の喜納昌春は「いくら何でもひどすぎる。ゆゆしき発言で、悲しくなる」「自民党に沖縄のことを何も知らない議員がいることが問題。末期的だ」と木原を批判した^[43]。
• 2023年10月15日、長崎県佐世保市で開かれた衆議院長崎4区補欠選挙の自民党候補の集会での演説で「しっかり応援していただくことが自衛隊ならびにそのご家族に対してのご苦労に報いることになる」と支持を訴えた。自衛隊法は「政治的目的のために、政治的行為をしてはならない」と規定しており、自衛隊の政治利用と取られかねない発言^[44][45]。松野博一内閣官房長官は16日の記者会見で「自衛隊を含む政府の機関は政治的に中立であり、特定の候補者を応援することはあり得ない」と述べた^[46]。同日、木原は記者団に「誤解を生むのであれば撤回したい」と話した^[47]。毎日新聞や朝日新聞などは、社説で2017年当時、防衛大臣であった稲田朋美が東京都議選での自民党候補の応援演説で同様に政治的中立性が疑われる発言をしたことを引き合いに出し、問題視した^[48][49]。立憲民主党の安住淳国会対策委員長は「自衛隊の政治的中立を侵すものだ」と批判し、「罷免に値する。首相は更迭しなければいけない」と強調した^[47]。
• 2024年7月14日、防衛省自衛隊内で特定秘密の不適切な取り扱いで、木原は大臣給与を1カ月分自主返納すると明らかにした^[50]。