クラブ経歴
ヴィッセル神戸時代
2009年1月15日、ヴィッセル神戸が、ザルツブルクとの間で完全移籍に合意したと発表した。神戸入団後に主将に就任[11]。2009年の序盤戦はセンターバックで、2009年の後半はボランチの位置でプレーするようになった。同年7月18日のJ1リーグ第18節川崎戦では自身初となるバイシクルシュート（オーバーヘッドキック）を決め、これが宮本のプロ選手生活で最後の公式戦ゴールとなった。2010年および2011年は北本久仁衛と河本裕之をバックアップする控えのセンターバックとしてプレーし、出場機会は減った。2011年はJ1リーグ戦で4試合出場のみ、うち先発は第23節の福岡戦（レベスタ）と公式戦最終出場試合ともなった最終節の仙台戦（ユアスタ）の2試合だったが、残る30試合でも全てベンチ入りをしていた。
2011年のシーズン終了後、宮本は神戸側から出されていた契約延長の申し出を固辞。12月19日に現役引退を表明した[1][4][12]。また、引退後に国際サッカー連盟(FIFA)がスイスで運営する「FIFAマスター」（「スポーツに関する組織論、歴史・哲学、法律についての国際修士」の大学院コース）で学び、また、コーチングライセンスの取得を目指す意向を示した[13]。
代表経歴
1997年にU-20日本代表に選出され、ワールドユースでキャプテンとして5試合に出場。
シドニー五輪を目指すU23代表でもフラット3の中心を担うと、2000年6月18日のキリンチャレンジカップ・ボリビア戦で日本代表初出場。シドニー五輪本大会ではオーバーエイジで加わった森岡隆三に押し出されベンチメンバーとなるが、森岡が累積警告による出場停止となったグループリーグ第3戦のブラジル代表選でスタメン起用される。
その後A代表の常連となるが、フラット3の中央には森岡が絶対的なレギュラーとして君臨しており、宮本はその控えの立場であった。2002年日韓W杯を前に森岡が怪我で一時離脱した際に出場した試合で不安定なプレーを繰り返したうえに、大会直前の静岡産業大学との練習試合で競り合った際に相手FW松下和磨の肘が顔に入り鼻骨骨折すると、森岡の復帰を待望する声が大きくなる。森岡が本大会に間に合わせる形で復帰したため、控えに戻った宮本だったが、初戦のベルギー戦で森岡が再び負傷してしまった事により緊急で途中出場。同点ゴールを献上してしまった事もあり、宮本のプレーを不安視する声もあがるが、次戦以降は不安視を一蹴するほどの獅子奮迅の活躍を見せ、日本代表初のベスト16進出に貢献。また、前述の鼻骨骨折により顔面を保護するために兵庫医大病院が用意した医療器具のフェイスガード（ノーズガード）を付けてのプレーとなったが[14]、その姿を見た海外のメディアから、バットマンと渾名された[15][注釈 3]。
トルシエ後のジーコJAPANでは、発足時よりキャプテンを務めた中田英寿が故障で離脱して以降、出場した試合全てのキャプテンを務めた。代表初ゴールは2004年2月7日のマレーシア戦。同年のアジアカップ準々決勝のヨルダン戦のPK戦では、中村俊輔と三都主アレサンドロが外したことで窮地に陥ると、マレーシア出身のスブヒディン・モハマド・サレー主審に、「これはフェアじゃない。ピッチ状態がよいほうでやるべきだ」と通訳なしでPKの位置変更を申し入れ、前代未聞のPK戦途中でのサイド位置を実現させた[16]。この結果、川口能活のファインセーブもありこのPK戦を制すると、日本代表は2大会連続のアジア制覇を果たし、自身も大会ベストイレブンに選出された。
2006年、自身2大会連続2度目のワールドカップ出場となった2006年ドイツW杯では、第1戦（オーストラリア戦）と第2戦（クロアチア戦）はフル出場したが、第3戦（ブラジル戦）は累積警告により出場出来なかった。ドイツW杯以降は代表に選出されなかった為、クロアチア戦がA代表最後の出場となった。
日本代表ではU-17からA代表に至るまでの全カテゴリでキャプテンを務めた[17]。
現役引退後
現役引退後は、FIFAマスター入学に向けての準備に励む傍ら、サッカー教室などを開催したり、NHKやWOWOWのサッカー中継にゲスト解説者として登場。2012年ロンドンオリンピックの期間中には、ジャパンコンソーシアムの男女サッカー中継に解説者として出演した。
2012年4月17日に自らの公式サイト内のブログで、FIFAマスター第13期生への合格を公表した。日本人の元プロサッカー選手では初めての合格で、2012年9月17日に入学した[18][19]。卒業してからも、引き続き欧州にて指導者資格の取得を目指す可能性があることを表明している[20]。
2013年7月19日、2012-2013年FIFAマスター第13期生修了式が行われ、宮本恒靖を含め24か国の生徒が卒業した[3]。日本人は2013年7月19日時点で、宮本を含め通算9名ほどがFIFAマスターを卒業している。元プロサッカー選手の卒業生は2名で、日本人元プロサッカー選手としては宮本が初めてである[21]。
なお、ロンドンオリンピック開幕直前の2012年7月16日には、ホームズスタジアム神戸で引退試合を開催。ガンバ・ヴィッセル・日本代表時代のチームメートが多数参加したほか、中田英寿や宮本の長男もサプライズで登場した。この試合はスカチャン、BSスカパー!で生中継されたほか、同月22日の深夜には、この試合のダイジェストを中心に構成された特別番組『宮本恒靖引退試合スペシャル〜日本のキャプテン17年の歩み〜』が、毎日放送で放送されている。
FIFAマスター取得後の2013年10月、ベースボール・マガジン社発行のサッカー専門誌「サッカーマガジン」のリニューアル（週刊から月刊の「サッカーマガジンZONE」に移行）[22] に伴い、特別編集長を委嘱される[23]。
2014年1月31日より、日本プロサッカーリーグにリーグ運営の円滑化を目的として新たに設置される、議決権を持たない特任理事（非常勤）に就任[24]。
2014年4月4日、2014年ブラジルW杯テクニカルスタディーグループ10名のうちの1人（試合を分析し、技術や戦術、傾向などを分析し、試合ごとのテクニカルリポート及び大会の総括リポートを作成するグループ。指導改善や強化に役立てる。W杯では、1966年イングランドW杯から導入）に内定したと発表された[25]。
2015年、古巣・G大阪のアカデミーコーチングスタッフに就任[26]。ジュニアユースチームのコーチを務めるかたわら、トップチームの指導に必要な日本サッカー協会公認S級コーチライセンスの講習を受けた[27]。また、シーズン終了後には、Jリーグの功労選手賞を受賞した[27]。
監督時代
2016年、G大阪ユースの監督に就任[27]。1月21日には、日本サッカー協会の理事会で、S級コーチライセンスの取得を認められた。前年の講習を受講した21名の中で、最も早い認定であった[27]。9月1日、ボスニア・ヘルツェゴビナのモスタルで計画していたサッカーによる民族融和を進める為、7歳から12歳の男女を対象としたサッカー・アカデミー「マリ・モスト（小さな橋)」の施設がほぼ完成して、10月9日に開校して引き渡し式も行われる予定である。
2017年、J3・G大阪U-23の監督に就任。3月12日の開幕戦（対ガイナーレ鳥取）では、代表でチームメートだった森岡隆三と監督として対戦した。翌年もG大阪U-23の指揮を執っていたが、同年7月23日、同日に解任が発表されたレヴィー・クルピの後任として、トップチームの監督に就任した[28]。コミュニケーション力を発揮し[29]、チーム全体の事だけでは無く一人一人の役割についても分かり易く細分化して選手に伝えて、仕事に全うできる状況を作り上げた[30]。その結果チーム成績も向上し、第25節から第33節にかけて9連勝を記録するなど10勝3分4敗の成績を残し、就任時の16位から9位にまで順位を浮上させた。2019年はリーグ7位で終えると、2020年はリーグ2位・天皇杯準優勝の実績を残した。
2021年は開幕から10試合で1勝4分5敗の18位と低迷し、5月14日に監督解任が発表された[31][32]。
日本サッカー協会役員時代
2022年3月、日本サッカー協会理事に就任[33]。新設の会長補佐と国際委員長を兼務。2023年2月1日には専務理事に就任。
2023年12月24日、2024年3月をもって最終任期で会長を退任する田嶋幸三の後任として、3月24日付で第15代日本サッカー協会会長に史上最年少で就任した。元プロサッカー選手、元Jリーガー、ワールドカップ出場経験者として初めてのサッカー協会会長となる[34]。
日本
レッドブル・ザルツブルク
日本 U-17
